Gelar Eropa kedua Manchester United

Awal musim 2006/07 menjadi suatu ujian bagi sisi manajerial Fergie. 2 orang pemain utamanya Cristiano Ronaldo dan Wayne Rooney terlibat perselisihan pada ajang Piala Dunia 2006. Insiden itu membuat rumor soal kepergian Ronaldo dari United makin membesar. Namun Fergie berhasil membujuknya agar bertahan di United dan mendamaikan kedua orang itu. Keberhasilan Fergie meredam emosi keduanya menjadi bahan bakar utama skuad United dalam menjalani awal musim baru. Kepergian Roy Keane pada November 2006, membuat Fergie mengincar gelandang Tottenham Hotspurs, Michael Carrick. Dan pada awal musim Carrick resmi bergabung dengan skuad Setan Merah dengan nilai transfer £14 juta. Awal musim berlangsung baik bagi United yang untuk pertama kalinya memenangkan 4 pertandingan liga secara beruntun. Sekali lagi Fergie membuktikan dirinya sebagai master dalam mendatangkan pemain yang cocok dengan skema permainan yang diinginkan. Hasil transfer pada Januari 2006 berperan besar atas pencapaian United, mereka membentuk lini belakang solid bersama dengan kiper Edwin van der Sar, Rio Ferdinand dan kapten Gary Neville. Sementara Carrick menghadirkan stabilitas permainan di lapangan tengah, bahu membahu dengan Ronaldo, Giggs, Park Ji Sung dan Scholes menyokong Rooney di lini depan. Pada akhir musim United tidak terkejar dan mengamankan gelar juara Liga Inggris. Pada ajang Eropa, Fergie mengantarkan United mencapai semifinal dengan mencetak rekor kemenangan atas AS Roma 7-1 pada laga perempat final di Old Trafford. Pada laga semifinal United kalah dari AC Milan dengan agregat 3-5 setelah unggul 3-2 di Old Trafford. Walaupun begitu hasil ini merupakan tanda kebangkitan dari Setan Merah setelah beberapa tahun belakangan kalah bersaing dari Arsenal, Liverpool dan Chelsea.

Awal musim 2007/08, Fergie kembali mendatangkan pemain untuk memperkuat skuadnya. gelandang bertahan Owen Hargreaves yang sukses bersama tim nasional Inggris di Piala Dunia 2006,sayap serba bisa Nani dari Portugal, gelandang serang Anderson dari Brazil dan striker Carlos Tevez resmi bergabung dengan Fergie di Old Trafford. Dengan kedalaman skuadnya, Fergie mengincar pencapaian gelar Eropa kedua bersama Setan Merah. Namun harapan Fergie sepertinya akan terbang seiring dengan performa dibawah standar United yang hanya meraih hasil imbang dalam 2 laga awal serta kalah 0-1 dari rival sekota Manchester City. Namun Fergie berhasil memotivasi skuadnya dan penampilan United sonta berubah drastis menjadi kompetitor dalam meraih gelar juara Liga Inggris bersama Arsenal dan Chelsea. Musim ini juga merupakan musim terbaik dari Cristiano Ronaldo yang secara luar biasa mencetak 42 gol dalam semua ajang yang diikuti oleh United, meraih trofi Sepatu Emas sebagai top-scorer Eropa, top-scorer Liga Inggris (35 gol) dan menjadi kandidat Pemain Terbaik Dunia FIFA. Pada akhir musim, Fergie kembali tampil di Final Liga Champion berhadapan dengan Chelsea, Ronaldo membawa United unggul 1-0 pada babak pertama sebelum disamakan oleh Chelsea pada babak kedua. Lewat drama adu pinalti, Fergie sukses memenangkan gelar Liga Champion keduanya sepanjang kariernya sebagai manajer. Fergie juga berhasil membawa United meraih trofi Piala Dunia Antarklub yang pertama bagi United. Pada akhir musim ini Fergie mengumumkan dirinya akan mundur dari jabatan manajer Manchester United pada tahun 2011, sesuatu yang kemudian diralatnya sendiri dengan mengatakan akan terus menjadi menajer United selama fisiknya masih memungkinkan. Musim berikutnya Fergie kembali meraih trofi juara Liga Inggris untuk ke 11 kalinya dan mengantar United menyamai rekor Liverpool yang telah menjuarai Liga Inggris 18 kali. Akhir musim 2008/09 juga menjadi musim terakhir bagi Cristiano Ronaldo yang pindah ke Real Madrid dengan rekor transfer dunia sampai saat ini, £80 juta. Menjadikannya pemain termahal yang pernah dijual Fergie selama kariernya sebagai menejer klub. Musim 2009/10 menghadirkan kekecewaan bagi Fergie dimana ia gagal mempertahankan gelar juara Liga Inggris dan melewati raihan trofi Liverpool.