Setelah Treble (1999–sekarang)

United memenangkan liga tahun 2000 dan 2001, tetapi mereka gagal meraih kembali trofi kompetisi Eropa. Pada tahun 2000, Manchester United menjadi salah satu dari 14 pendiri kelompok G-14.Ferguson mengadopsi gaya permainan bertahan dan tetap gagal di kompetisi Eropa dan United menyelesaikan liga pada urutan ketiga klasemen. Mereka meraih kembali gelar liga musim berikutnya dan memulai musim dengan sangat baik, namun penampilan mereka memburuk ketika Rio Ferdinand menerima skorsing 8 bulan karena gagal dalam tes doping. Mereka memenangkan Piala FA 2004, setelah mengalahkan Millwall.
Musim 2004-05, produktivitas gol United berkurang, yang disebabkan oleh cederanya Ruud van Nistelrooy dan United menyelesaikan musim tanpa meraih satu gelar pun. Kali ini, Piala FA dimenangkan oleh Arsenal yang mengalahkan United melalui adu penalti. Di luar lapangan, cerita utamanya adalah kemungkinan klub diambil alih oleh pihak lain dan pada akhir musim, Malcolm Glazer, seorang pengusaha asal Tampa, telah memiliki kepemilikikan United.

Giggs pemain dengan jumlah pertandingan terbanyak untuk United.

United melakukan awal buruk pada musim 2005–06, dengan kepergian Roy Keane yang bergabung dengan Celtic setelah United banyak dikritik publik dan klub gagal melewati babak knock-out Liga Champions untuk pertama kalinya dalam satu dekade setelah kalah dari tim asal Portugal, Benfica. Musim ini adalah musim yang buruk bagi United karena pemain kunci mereka seperti, Gabriel Heinze, Alan Smith, Ryan Giggs dan Paul Scholes cedera. Mereka hanya meraih satu gelar musim itu, Piala Liga, mengalahkan tim promosi Wigan Athletic dengan skor 4–0. United memastikan tempat di urutan kedua klasemen liga dan lolos otomatis ke Liga Champions setelah mengalahkan Charlton Athletic 4–0. Akhir musim 2005–06, satu dari penyerang kunci, Ruud van Nistelrooy, meninggalkan klub dan bergabung dengan Real Madrid, karena hubungannya dengan Alex Ferguson retak.
Musim 2006-07 memperlihatkan gaya permainan United yang menyerang seperti pada dekade 90-an, mencetak 20 gol lebih di 32 pertandingan. Pada Januari 2007, United mendapatkan Henrik Larsson dengan status pinjaman selama 2 bulan dari Helsingborgs, dan pemain itu memiliki pera penting dalam pencapaian United di Liga Champions, dengan harapan meraih Treble kedua; namun setelah mencapai babak semi-final, United kalah dari A.C. Milan 3–5(agregat).
Dalam perayaan ke-50 keikutsertaan Manchester United dalam kompetisi Eropa, dan juga perayaan ke-50 dari Treaty of Rome, Manchester United bertanding melawan Marcello Lippi dan tim Eropa XI di Old Trafford pada 13 Maret 2007. United memenangkan pertandingan 4–3.
Empat tahun setelah gelar terakhir mereka, United meraih kembali gelar juara liga pada 6 Mei 2007, setelah Chelsea bermain imbang dengan Arsenal, meninggalkan the Blues tujuh poin di belakang dengan menyisakan 2 pertandingan, diikuti kemenangan United 1–0 dalam derbi Manchester hari sebelumnya, mengantarkan United ke gelar kesembilan Premiership-nya dalam 15 tahun eksistensinya. Namun, mereka tidak dapat mencapai double keempat mereka, karena Chelsea mengalahkan United 1-0 di final Piala FA 2007 yang berlangsung di Stadion Wembley yang baru.

Berkas:Manchester united 2007-2008 champion.jpg

Para pemain Manchester United mengangkat trofi liga inggris saat memenangkan Liga Utama Inggris tahun 2008

Pada 11 Mei 2008, United kembali meraih gelar liga setelah mengalahkan Wigan 2-0 di pertandingan terakhir untuk memastikan gelar tersebut, disusul gelar Liga Champions pada tanggal 21 Mei 2008 yang diraih dengan mengalahkan Chelsea 6-5 di final melalui adu penalti setelah bermain seri 1-1 di waktu normal 2x45 menit serta perpanjangan waktu 2x15 menit. Dengan status sebagai juara Liga Champions tersebut, United berhak mengikuti Piala Dunia Antarklub FIFA 2008 dan berhasil menjuarai turnamen tersebut setelah mengalahkan Gamba Osaka 5-3 di semifinal dan LDU Quito 1-0 di final. United pun menjadi klub Eropa kedua yang menjadi juara dunia setelah AC Milan pada 2007. Setahun setelah final Liga Champions UEFA tahun 2008, Manchester United masuk kembali ke final tahun 2009. Manchester United kemudian mengalami kekalahan dalam final Liga Champions UEFA 2008–09, saat menghadapi Barcelona dengan skor 2 – 0 di Roma, Italia.